Eine medikamentöse Therapie kann Morbus Crohn zwar nicht heilen, aber oft über viele Jahre erfolgreich lindern. Die Behandlung zielt bei Morbus Crohn vor allem darauf ab, eine Remission, d.h. ein Nachlassen der schubförmig auftretenden Beschwerden zu erreichen und diese möglichst lange zu erhalten. Die Erhaltung der Lebensqualität spielt also eine maßgebliche Rolle. Außerdem soll die Beschwerdefreiheit mit einer möglichst langanhaltenden Abheilung der Darmschleimhaut einhergehen, und das ohne den dauerhaften Einsatz von Kortikosteroiden. Die einzelnen Therapieformen unterscheiden sich vor allem in ihrer Wirkungsweise. Viele Medikamente bei Morbus Crohn dienen dazu, die Aktivität des Immunsystems zu senken. Mit manchen Medikamenten kann ein Rückfall verhindert werden.